Naučnoistraživački institut organizovan je kao zasebna organizaciona jedinica u sastavu Panevropskog univerziteta "APEIRON" Banja Luka. Rješenjem Ministarstva nauke i tehnologije u Banjoj Luci broj 06/6-040/050-3/08 od 11.03.2008. godine Naučno-istraživački institut Univerziteta "APEIRON" u Banjoj Luci dobio je odobrenje za rad i upisan u knjigu registra naučnoistraživačkih ustanova. Institut obavlja naučna i razvojna istraživanja u poljima za koje je matičan Panevropski univerzitet "Apeiron", Banja Luka), učestvuje u projektima koji se finansiraju iz sredstava budžeta države, entiteta, lokalnih zajednica, kao i fondova Evropske Unije i drugih domaćih i međunarodnih organizacija i institucija, a u skladu sa Zakonom o naučnoistraživačkoj djelatnosti i tehnološkom razvoju. Osim naučnih i razvojnih istraživanja na ovim projektima, Institut obavlja svoju djelatnost i za potrebe tržišta, u skladu sa Zakonom, podzakonskim propisima i Statutom. Naučnoistraživački rad u Institutu organizuje se i obavlja u naučnoistraživačkim odsjecima instituta.
Rad na projektima obavljaju projektni timovi koji se formiraju nezavisno od rasporeda naučnih saradnika i istraživača unutar organizacionih jedinicia, a u skladu sa potrebama svakog pojedinačnog projekta. Projekte za tržište organizuju i vode koordinatori projekata, koje imenuje direktor Instituta, na prijedlog rukovodioca naučnoistraživačkih odsjeka u skladu sa ovim Pravilnikom.
Postupak predlaganja, odobravanja i pradenja rada na projektima za tržište obavlja se u skladu sa opštim aktom Instituta kojim je regulisan postupak predlaganja, odobravanja i pradenja rada na projektima za tržište. Koordinator projekta je odgovoran direktoru Instituta za pravovremeno i valjano izvršenje ugovorenih obaveza na projektu, kao i za namjensko trošenje planiranih sredstava projekta. Ukoliko je potrebno, na izvođenju projekta za tržište mogu raditi i saradnici koji nisu zaposlenici Instituta (vanjski saradnjici), u skladu sa svojom naučnom i stručnom osposobljenošdu, o čemu odlučuje direktor Instituta, na prijedlog koordinatora projekta. Saradnja vanjskog saradnika na izvođenju projekta uređuje se ugovorom, zaključenim između Instituta i vanjskog saradnika.
Naučnoistraživački rad obavljaju naučni saradnici, viši naučni saradnici i naučni savjetnici, u skladu sa Zakonom, te drugi radnici Instituta i Univerziteta Apeiron, čija su radna mjesta sistematizovana u opštim aktima.